Die Niederlande sind aus Europa und den meisten anderen Ländern sehr gut per Flugzeug zu erreichen. Insgesamt gibt es über 28 Flughäfen, wovon 19 eine befestigte Landebahn haben. Die fünf größten Flughäfen der Niederlande sind Amsterdam Schiphol, Eindhoven Airport, Rotterdam The Hague Airport, Maastricht Aachen Airport und Groningen Airport Eelde. Amsterdam Schipol ist mit 52 Millionen Passagieren in 2013 nicht nur der größte Flughafen der Niederlande, sondern auch der drittgrößte von Europa.
Von Schiphol aus gehen Verbindungen in viele Großstädte in der ganzen Welt. Direktflüge gibt es zum Beispiel nach New York, Kapstadt, Dubai, Kuala Lumpur und Tokio. Außerdem werden auch viele verschiedene europäische Flughäfen angeflogen, nicht nur aus Schiphol, sondern auch aus einer Anzahl weiter Flughäfen. Neben einer Anzahl nationaler Fluggesellschaften landen in Schiphol auch viele internationale Unternehmen wie Delta Air Lines, Vueling und easyJet.
Amsterdam Schiphol ist Drehkreuz und Heimatflughafen für die niederländischen Unternehmen KLM, Corendon, ArkeFly und Transavia. KLM, mit richtigem Namen Koninklijke Luchtvaartmaatschappij, ist das staatliche Flugunternehmen der Niederlande. Sie ist weltweit tätig und zusammen mit KLM Cityhopper, Martinair und Transavia als KLM Gruppe zusammengeschlossen. Viele internationale Verbindungen bietet KLM in Zusammenarbeit mit Air France an. Bei Transavia handelt es sich um einen günstigen Linien- und Charterdienst, der ein Tochterunternehmen von KLM-Air France ist. Ein anderes Unternehmen ist Corendon Dutch Airlines, welches ein Tochterunternehmen des türkischen Unternehmens Corendon Airlines ist. Zusammen mit ArkeFly bedienen sie in erster Linie Charterflüge in Urlaubsregionen.